Así, como en glucólisis la cantidad de ATP y la regeneración de NAD+ son cruciales.
Si hay mucho ATP y mucho NADH (mucha energía) las dos enzimas de descarboxilación oxidativa se inhiben.
También si el CO2 no se elimina rápidamente, como cuando hay hipoxia, el ciclo se frena por inhibición de la αKGDH.
En cambio el AMP estimula a la isocitrato DH y estimula el ciclo.