Los tres puntos de regulación más importantes están justo a nivel de las deshidrogenasas que empujan al ciclo:
Piruvato deshidrogenasa
Isocitrato deshidrogenasa
αKG deshidrogenasa
Las tres se inhiben cuando hay mucho ATP o cuando se acumula el NADH, lo que significa que no se está reoxidando en la respiración