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La naturaleza del substituyente polar
modifica las características fisicoquímicas del fosfolípido.
Por ejemplo, la esterificación con etanolamina,
o con su derivado con amonio cuaternario, llamado colina, dan lugar a lípidos zwitteriónicos sin carga neta.
La esterificación con el aminoácido serina,
da lugar a un zwitterion con carga neta negativa.
La esterificación con mono, di- u oligosacáridos da lugar a glicofosfolípidos aniónicos.
Sus nombres triviales son fosfatidil-X , en donde X es el nombre de la cabeza polar.
Por ejemplo, el fosfatil inositol lleva como substituyente el poliol cíclico conocido como D-mioinositol.
En las mitocondrias encontramos el derivado con glicerol, esterificado simultáneamente a dos restos de ácido fosfatidico, este se llama cardiolipina.