En la forma oxidada, la hélice podría dar acceso a los protones desde la cara citoplásmática de la bacteria, que sería la matriz en la mitocondria.
En la forma reducida la hélice cambia y ahora el acceso es a través de los medios canales que ven hacia el espacio periplásmico, o el intermembranal en la mitocondria.
El cambio conformacional debe acompañarse de un cambio en el pKa de los residuos.
Efremov, R. G. et al. Nature (2011) 476: 414-420 .
Zickermann, V. et al. Science (2015) 347: 44-49
La reacción redox está asociada a un cambio conformacional que no es bien conocido, pero debe propagarse a todos los canales de protones.
Dicho cambio tiene que estar asociado a cambios en el pKa de los grupos responsable de protonarse cuando están abiertos a la matriz y desprotonarse cuando están viendo al espacio intermembranal.
Por cada ubiquinol formado se translocan 4 protones.