En cada una de las 4 subunidades que translocan protones (a,b,c,d), incluída que une a la quinona/quinol (a) se puede trazar un camino en Z para el paso de protones a través de la membrana.
El movimiento de la hélice horizontal impulsa el bombeo de protones y comunica los cuatro canales con la oxidorreductasa
Efremov, R. G. et al. Nature (2011) 476: 414-420 .
Los cuatro canales de protones tienen una forma de Z y están interrumpidos a la mitad.
La hélice transversa, que pertenece a subunidad más alejada contacta con todos los canales y es esencial para comunicar el cambio de conformación provocado por la reacción redox.