Se basa en el principio de partición entre una fase estacionaria y una fase móvil.
En el caso clásico la fáse estacionaria es polar (celulosa, sílica o alúmina) y la fase óávil es apolar (eter de petróleo, hexano, acetato de etilo, et. y sus mezclas.
Si la fase estacionario es apolar (sílica-C18) y el solvente relativamente polar (acetonitrilo:agua:TFA) se conoce como fase reversa.
Para proteínas se conoce como Cromatografía de Interacción hidrofóbica. resinas comunes Phenyl- y Octyl-sepharosa
En la cromatografía, la muestra tiene cierta afinidad por un soporte sólido, o fase estacionaria que se empaca en una columna, o tubo, de manera que se pueda hacer fluir un medio líquido o gaseoso, llamado fase móvil, por el tubo.
La fase móvil puede disolver a la substancia de interés y lavarla, pero es retardada por la interacción de la substancia con la fase estacionaria.
Diferentes substancias están sujetas a un retardo diferente, que depende del coeficiente de reparto de cada una, entre las fases.
La cromatografía más clásica empleaba papel estacionario, que es polar, y un solvente orgánico móvil, apolar.
Pero en la actualidad, el soporte más empleado es sílica modificada con un hidrocarburo saturado lineal de 18 carbonos, mientras que la fase móvil suele ser una mezcla acidificada de disolventes polares como agua, acetonitrilo, metanol, propanol, tetrahidrofurano y otros.
Esta cromatografía es llamada FASE REVERSA.
Para las proteínas estos métodos son muy agresivos y se suele usar un soporte menos apolar, como n-octilo o fenilo. El eluyente suele ser agua cuya polaridad se puede elevar añadiendole sal, o reducir con etilenglicol.
Esta variante más suave es llamada: CROMATOGRAFÍA DE INTERACCIÓN HIDROFÓBICA