Algunas conformaciones resultan en colapso atómico o repulsión y están impedidas, las restantes son favorecidas.
Estas conformaciones pueden describirse mediante ángulos de torsión (φ y ψ).
Las escasa libertad de rotación del enlace peptídico hace que el esqueleto solo pueda cambiar de conformación al rotar los enlaces del carbono α con su amino y con su carbonilo.
A estos ángulos de torsión se les llama dihedros y al definirse, se establece la trayectoria que recorre el esqueleto en el espacio.
A esta trayectoria, o patrón de plegamiento dada por el esqueleto, le llamamos estructura secundaria.
Como vemos en la figura, ciertas conformaciones generan colapsos y están impedidas.
Solo ciertas formas de estructura secundaria son posibles, mientras otras están impedidas.