La configuración cis presenta mayor impedimento estérico, siendo poco frecuente en proteínas naturales
Debido a la resonancia del corbonilo con los electrones libre del nitrógeno, el enlace peptídico es plano y más corto que un enlace sencillo.
Los dos carbonos α, el nitrógeno, el carbonilo y el hidrógeno de la amida están en un mismo plano.
Por tanto podemos tener configuraciones cis y trans, respecto a los carbonos α de los restos de aminoácido vecinos.
Siendo la trans más estable.