La estructura de las proteínas
¿Qué son?
Estructura de proteínas. Parte 1: aminoácidos
definición de aminoácido
Aminoácidos proteicos
α-aminoácidos
Estereoquímica de los aminoácidos
Hay 22 aminoácidos PROTÉICOS que se codifican en el DNA
Aminoácidos proteicos estándar alifáticos
Aromáticos
Azufrados
Polares neutros
Aminoácidos ácidos vs. sus amidas
Aminoácidos básicos
Glicina y prolina
Aminoácidos protéicos especiales:
Cistina vs. cisteína—oxidorreducción
Herramientas para aprender mejor los aminoácidos:
Estructura de proteínas:2. enlace peptídico, estructura y conformación.
Las proteínas naturales...
Enlace peptídico
Un pentapéptido
Cada aminoácido añadido:
Dado que el enlace peptídico es plano, tiene dos configuraciones geométricas
Sin embargo, en la Prolina, la unión covalente entre el carbono γ, enfrenta a dicho carbono con el carbono alfa en la configuración trans, por lo que hay impedimento d todos modos
Limitación conformacional del esqueleto
Ramachandra generó un mapa de valores permitidos de φ y ψ.
Conformaciones helicoidales
Conformaciones extendidas
Es posible generar una mapa individual de cada proteína midiendo los ángulos φ y ψ
Este nivel de estructuración local es la estructura secundaria.
Estructura de proteínas: 3. los elementos de la estructura secundaria
La conformación de φ y ψ que orienta igual a los enlaces peptídicos genera un helicoide.
Hélice alfa
La hélice alfa
hélice alfa de polivalina
Estructura extendida (hebras)
La lámina beta
Hebra beta paralela de polialanina
Hebra beta antiparalela de polialanina
giros
Asas
Estrcutra caprichosa o random coil
Estructura de proteínas:4. estructura terciaria
El conjunto de todos las partes en una cadena continua de aminoácidos se denomina estructura terciaria
Una analogía
Clasificación de la estructura terciaria 1
Clasificación de la estructura terciaria 2
Identifique el tipo de estructura terciaria:
Proteínas multidominio
Proteínas pequeñas y/o desestructuradas
Los dominios...
Puentes de disulfuro entre dominios
Otros componentes de la estructura terciaria: Los motivos
Cuando los elementos de estructura secundaria se combinan en motivos.
Motivos de estructura supersecundaria
Otros motivos de estructura supersecundaria
Diversos motivos esquematizados
Motivos más complejos
Parte 5. estructura cuaternaria
Muchas proteínas requieren de más de una cadena de aminoácidos para ser funcionales
homotrímero
homotetrámero
Hetero 28-mero
Hetero hexadecámero 8A/8B
Citocromo bc1 - Hetero 22-mero
Filamento de actina: 23-mero
Amazing Molecular Machines, by Hadeer Elhabashy, 2022