Los organelos como mitocondrias, cloroplastos y peroxisomas tienen sus propio sistemas de translocación de proteínas.
Para entrar en mitocondria las proteínas tienen un petido de transito a mitocondria en el extremo amino.
Con ayuda de la chaperona HSP70 (Heat Shock Protein 70 kDa) la proteínas es desplegada e insertada en el poro que atraviesa ambas membranas, formado por los traslocadores externo TOM (T. Outer Membrane) e interno TIM (T. Inner membrane).
Una vez en la matriz, el péptido de tránsito en cortado y la chaperona mHSP70 ayuda a replegar la proteína.