La proteína SecB reconoce al péptido de secreción y lleva estas proteínas hasta SecA, que se encuentra asociado a un canal transmembranal llamado SecYEG.
La proteína a transportar es deplegada e inyectada a través del canal con gasto de ATP.
Conforme la proteína es transportada una proteasa embebida en la membrana reconoce la señal de corte y elimina el péptido de secreción.
En el espacio periplásmico una o más proteínas llamadas chaperonas moleculares ayudan a la proteína a plegarse en su forma nativa.