En los Eucariontes hay más factores de inicio, especialmente porque se requiere rastrear el 5' del mRNA, desde el CAP, buscando el primer codón AUG.
En Eucariontes los mensajes son casi siempre monocistrónicos y ocasionalmente bicistrónicos, pero en los mensajes bicistrónicos se traduce un marco de lectura, que es el primero desde el lado 5' y bajo condiciones especiales de estrés celular, se traduce solo el segundo, es decir no se traducen ambos.