El marco de lectura se establece cuando el extremo 3' del rRNA 16S, es decir el de la subunidad pequeña, se aparea con una secuencia del mensaje llamada SHINE-DALGARNO, nombrada así por sus descubridores.
El codón AUG adyacente es el sitio de inicio de la traducción.
Los mRNA bacterianos pueden tener varios marcos de lectura con su respectivo sitio de inicio y su SHINE-DALGARNO y se traducen proteínas distintas a partir de cada uno. Se dice que estos mensajes son policistrónicos y a cada región codificante se le llama un cistrón.