Cuando una mutación inserta o elimina bases en la secuencia codificante de un proteína, a menos que sean un múltiplo de 3, se ocasiona un cambio de marco de lectura que altera todos los codones a partir del sitio de la inserción o ablación (indel).
Con frecuencia, esto hace que aparezcan codones de término (sin sentido) anticipadamente y produce proteínas inservibles, con secuencias de aminoácidos muy alteradas y casi siempre más cortas.
Estas mutaciones son las más dañinas.