Los tres tipos de recombinación son:
Recombinación homóloga y ocurre entre el genoma y un segmento de DNA foráneo que posee semejanza de secuencia con el DNA a recombinar.
Recombinación específica de sitio, cuando la recombinasa identifica en el genoma un par de secuencias características e inserta un fragmento de DNA en medio de ellas.
Transposición. El DNA a insertar posee dos secuencias en sus extremos que son reconocidas por la recombinasa. El segmento llamado transposón es insetado en cualquier sitio del genoma.