En mitocondria esta proteína posee 11 subunidades distintas y cada una está en dos copias, de modo que son 22 subunidades basales.
En la cara que ve al espacio intermebranal está un sitio de unión a citocromo c
En la región membranal hay dos sitios para unión a quinonas, un centro 2Fe/2S, un citocromo c1 unido a la enzima y dos citocromos b llamadas bL y bH, de acuerdo con su potencial redox (low & high).