Modelaje Molecular

Laboratorio de Biosensores y Modelaje molecular

Torre de Investigaciòn 3er piso

Departamento de Bioquìmica, Facultad de Medicna, UNAM

Simulaciones de Dinámica Molecular (SDM)

Las Simulaciones de Dinámica Molecular de proteínas y sus complejos representan actualmente una herramienta eficaz para describir a nivel atómico sistemas biológicos complejos y poder responder preguntas de investigación asociadas a estos sistemas. Esta herramienta computacional es un complemento idóneo a la parte experimental, con diversas aplicaciones para ser utilizada tales como el refinamiento de modelos estructurales, cálculos de parámetros energéticos de unión (proteína-ligando), estudio de plegamiento de proteínas, mecanismos de catálisis enzimática entre los más importantes. Las Simulaciones de Dinámica Molecular sea han visto beneficiadas del avance tecnológico de los sistemas informáticos, tanto a nivel hardware como a nivel software. Lo anterior, ha permitido tener una gran oferta de software y disminuir el tiempo de cómputo. En este protocolo, proporcionamos conceptos básicos, fundamentos de la técnica, aplicaciones de las Simulaciones de Dinámica Molecular, softwares disponibles para realizarlas y analizarlas; así como un protocolo general para un sistema proteína-ligando.

Análisis

RMSD

La RMSD (Desviación de la raíz cuadrada media): es un parametro estándar de distancia estructural entre coordenadas. Mide la distancia promedio entre un grupo de átomos. Si se calcula RMSD entre dos conjuntos de coordenadas atómicas, como dos puntos de tiempo de la trayectoria, el valor representa el cambio conformacional de una macromolecula a lo largo del tiempo (Flexibilidad).

RMSF

La raíz media cuadrática de fluctuación (RMSF) mide la desviación promedio de un residuo de proteína a lo largo del tiempo desde una posición de referencia. Por lo tanto, RMSF se utiliza para analiza las regiones de la estructura que fluctúan más o menos con respecto a su estructura media a lo largo del tiempo de la SDM.

Interacción Proteína-Ligando

Las interacciones proteína-Ligando son procesos dinámicos donde los ligandos pueden estabilizar a las proteínas a través de uniones específicas de ciertos aminoácidos. Uno de los análisis más oportunos es identificar a los aminoácidos que interaccionan con los ligandos en función del tiempo.