El Docking es un procedimiento teórico que busca de forma aleatoria la mejor pose de interacción de un ligando con una macromolécula, utilizando algoritmos que se basan en el impedimento estérico, fuerzas electrostáticas, interacciones hidrofóbicas, considerando la macromolécula como un cuerpo rígido y el ligando como una entidad flexible.

Diferentes sitios de unión de ligandos a una macromolecula 

Análisis 2D de la interacción proteína-ligando, mostrando interacciones hidrofóbicas, electrostáticas, puentes de hidrogeno con los residuos puntuales